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Intérêts scientifiques

Objet thématique de rattachement : DIEM

• Ecologie microbienne des bioprocédés
• Mesure et rôle de la diversité microbienne
• Mécanismes de structuration des communautés microbiennes
• Pilotage des ressources microbiennes
• Traitement des eaux par des phogranules

Parcours scientifique

2017 : Directeur de recherche et animateur de l'objet thématique DIEM

2015 : Habilitation à Diriger des Recherches ayant pour titre : « La diversité microbienne et les règles d’assemblage des communautés pour le pilotage des ressources microbiennes : Application aux écosystèmes de dépollution ».

2009 : Directeur d’Unité Adjoint

2005 : Recrutement à l’INRA en tant que Chargé de Recherche

1999-2003 : Doctorat en écologie microbienne de l’Université de Neuchâtel (Suisse) sur les bactéries liées au cycle de l’azote dans la rhizosphère de graminées pérennes

1997-1999 : Coopérant du Service National (CSN) à l’IRD de Dakar (Sénégal) sur les bactéries associées aux termites humivores

1996-1997 : Diplôme d’Études Approfondies (DEA) de l’Université Claude Bernard Lyon1 (France) sur des bactéries fixatrices d’azote associées aux plantes actinorhiziennes.

Publications importantes

Sierocinski P, Milferstedt K, Bayer F, Großkopf T, Alston M, Bastkowski S, Hobbs PJ, Soyer OS, Hamelin J, Buckling A. 2017. A single community dominates structure and function of a mixture of multiple methanogenic communities. Current Biology, 27: 3390-3395.e4. DOI:10.1016/j.cub.2017.09.056

Milferstedt K, Kuo-Dahab WC, Butler CS, Hamelin J, Abouhend AS, Stauch-White K, McNair A, Watt C, Carbajal-Gonzalez BI, Dolan S, Park C. 2017. The importance of filamentous cyanobacteria in the development of oxygenic photogranules. Sci Rep. 7: 17944. doi:10.1038/s41598-017-16614-9

Godon JJ, Arulazhagan P, Steyer JP, Hamelin J. 2016. Vertebrate bacterial gut diversity: size also matters. BMC Ecology. 16:12. DOI:10.1186/s12898-016-0071-2

Benomar S, Ranava D, Cardenas ML, Trably E, Rafrafi Y, Ducret A, Hamelin J, Lojou E, Steyer JP, Giudici-Orticoni MT. 2015. Nutritional stress induces exchange of cell material and energetic coupling between bacterial species. Nature Communications,  6:10.  DOI:10.1038/ncomms7283

Haegeman B, Hamelin J, Moriarty J, Neal P, Dushoff J, Weitz JS. 2013. Robust estimation of microbial diversity in theory and in practice. Isme Journal 7: 1092-1101. DOI: 10.1038/ismej.2013.10

Widder S, Allen R, Pfeiffer T, Curtis TP, Wiuf C, Sloan WT, Cordero OX, Brown SP, Momeni B, Shou W, Kettlr H, Flint HJ, Haas AF, Laroche B, Kreft JU, Rainey PB, Freilich S, Schuster S, Milferstedt K, van der Meer JR, Grosskopf T, Huisman J, Free A, Picioreanu C, Quince C, Klapper I, Labarthe S, Smets B, Wang H, Isaac Newton Institute Fellows (Allison SD, Chong J, Cosentino-Lagomarsino M, Croze OA, Hamelin J, Harmand J, Hoyle R, Hwa TT, Jin Q, Johnson DR, de Lorenzo V, Mobilia M, Murphy B, Peaudecerf F, Prosser JI, Quinn RA, Ralser M, Smith AG, Steyer JP, Swainston N, Tarnita CE, Trably E, Warren PB, Wilmes P), Soyer O. Challenges in microbial ecology: building predictive understanding of community function and dynamics. 2016. ISME Journal, 10 :2557-2568. DOI:10.1038/ismej.2016.45.