ANR JCJC PANORAMICS 2022-2026

Scientific abstract

Oxygenic photogranules (OPGs) could turn wastewater treatment in circular bioeconomy by capturing much of the energetic and chemical value of wastewater in their biomass. But essential knowledge on their formation and life cycle is still missing and needed for conducting a bioprocess based on OPGs. Omics (in particular metabolomics) are the best tools to understand photogranulation but still require a specific effort in statistical modelling to make full use of them. This project will tackle both challenges: the development of automatic and reproducible data analysis methods for metabolomics, the implementation of a longitudinal multi-omics data integration methodology and the use of these new approaches to investigate the life cycle of OPGs, mainly their switch from growth activity to storage of compounds which is one of the major remaining challenges for the industrial use of OPGs in depollution of wastewater.

Members

• Cécile Canlet : INRAE, UMR Toxalim, Metatoul-Axiom
• Oriane Della-Negra : INRAE, UR LBE, Post-doctoral student
• Camille Guilmineau : INRAE, UR LBE, PhD student
• Jérôme Hamelin : INRAE, UR LBE
• Claire Hoede : INRAE, UR MIAT
• Christophe Klopp : INRAE, UR MIAT
• Kim Milferstedt : INRAE, UR LBE
• Virginie Rossard : INRAE, UR LBE
• Anaïs Séguéla : INRAE, UMR Toxalim, Metatoul-Axiom
• Rémi Servien : INRAE, UR LBE, coordinator
• Marie-Ange Teste : INSA, UMR TBI, GeT-biochips
• Marie Tremblay-Franco : INRAE, UMR Toxalim, Metatoul-Axiom
• Nathalie Vialaneix : INRAE, UR MIAT

Productions

• Camille Guilmineau. R package  phoenics: Pathways Longitudinal and Differential Analysis in Metabolomics, 2024. https://cran.r-project.org/web/packages/phoenics/index.html.
• Camille Guilmineau, Rémi Servien, Marie Tremblay-Franco, Nathalie Vialaneix. Analyse différentielle longitudinale des voies métaboliques. 55e Journées de Statistique de la SFdS, Société Française de Statistique, May 2024, Bordeaux, France. ⟨hal-04595237⟩
• Anaïs Séguéla, Roselyne Gautier, Jérôme Hamelin, Kim Milferstedt, Rémi Servien, Marie-Ange Teste et Cécile Canlet. Développement d’un protocole de co-extractions transcriptomiques et métabolomiques pour la caractérisation des photogranules oxygéniques. 16ème JS du RFMF 2024, Jun 2024, Saint-Malo (35400), France. ⟨hal-04613787⟩
• Camille Guilmineau, Marie Tremblay-Franco, Nathalie Vialaneix, Rémi Servien. Modélisation de données métabolomiques longitudinales par voies métaboliques. Journées de statistique de la SFdS, Société Française de Statistique, Jul 2023, Bruxelles (BE), Belgique. ⟨hal-04154758⟩.
• Christian Adanmaho. Utilisation des images RMN 2D pour la quantification en métabolomique. Mémoire de stage de Master 2, encadré par G. Lefort, M. Tremblay-Franco et R. Servien. 2023. ⟨hal-04551035⟩